Visualizar moléculas con rdkit

En este ejemplo vemos como visualizar una molécula con rdkit. Este paquete es usado en química informática. Permite crear y manipular moléculas, calcular sus propiedades, visualizarlas, compararlas y realizar reacciones químicas.

Por ejemplo, la aspirina (ácido acetilsalicílico), cuya fórmula simplificada es C9H8O4, se puede expresar con notación SMILES de la siguiente manera. Usando MolToImage, la podemos representar gráficamente.

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors
from rdkit.Chem import Draw

smiles = 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'
molecula = Chem.MolFromSmiles(smiles)
Draw.MolToImage(molecula).show()

Con MolWt podemos calcular la masa molecular de la aspirina, expresada en gramos por mol.

peso_molecular = Descriptors.MolWt(molecula)
print(f"Masa: {peso_molecular:.3f} g/mol")
# Masa: 180.159 g/mol

✏️ Ejercicios:

• Usando rdkit busca una forma de convertir de notación SMILES a la fórmula, es decir de CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O a C9H8O4 para la aspirina o O a H2O para el agua.