Genética y ADN con biopython

En este ejemplo vemos como trabajar con secuencias de ADN usando biopython. Este paquete permite trabajar con secuencias de ADN, ARN, proteínas, y además ofrece herramientas para convertir entre formatos, realizar análisis de secuencias y trabajar con datos bioinformáticos en general.

Vamos a crear un programa que encuentre la secuencia complementaria de una secuencia de ADN. Como contexto, el ADN está definida por un conjunto de cuatro bases nitrogenadas:

• 🧬 Adenina (A)
• 🧬 Timina (T)
• 🧬 Citosina (C)
• 🧬 Guanina (G)

Con Seq podemos crear una pequeña secuencia de ADN. Esta clase nos permite almacenar la secuencia en un objeto, y se nos ofrecen diferentes operaciones. Por ejemplo complement permite encontrar la secuencia complementaria.

from Bio.Seq import Seq

adn = Seq("ATGGCCATTGTAATGGGC")
print(f"ADN: {adn}")
# ADN: ATGGCCATTGTAATGGGC

adn_compl = adn.complement()
print(f"Complementaria: {adn_compl}")
# Complementaria: TACCGGTAACATTACCCG

También podemos usar transcribe para transcribir el ADN a ARN y translate para traducir a una secuencia de proteínas.

arn = adn.transcribe()
print(f"Secuencia ARN: {arn}")
# ARN: AUGGCCAUUGUAAUGGGC

proteina = arn.translate()
print(f"Proteina: {proteina}")
# Proteina: MAIVMG

✏️ Ejercicios:

• Sabiendo que la Adenina (A) siempre se empareja con Timina (T) y la Citosina (C) con Guanina (G) escribe la función complement en Python sin usar biopython. Esta debe mostrar la secuencia de ADN complementaria.